از مهمترین ماموریت های سازمان هواشناسی کشور میتوان به موارد زیر اشاره نمود:
نگهداری، تجهیز و تکمیل شبکه‌های دیدبانی جهت انجام دیدبانی‌های جوی و سایر دیدبانی‌های که به هواشناسی مربوط می‌شود.
جمع آوری اطلاعات دیده بانی شده از کلیه ایستگاههای هواشناسی داخلی و خارجی بوسیله شبکه ارتباطات ، داخلی و بین المللی و کنترل کیفیت و مخابره آنها به کشورهای دیگر از طریق شبکه بین المللی ارتباطات هواشناسی.
نگهداری، تجهیز و تکمیل سامانه‌های پردازشی جهت پردازش داده‌های هواشناختی و تولید محصولات هواشناسی در کوتاه‌ترین زمان ممکن.
نگهداری، تجهیز و تاسیس سامانه‌های مخابراتی جهت تسریع در تبادل داده و اطلاعات هواشناسی در سطح کشور و جهان.
استاندارد‌سازی دیدبانی‌ها هواشناسی و سایر دیدبانی‌های مرتبط با آن جهت تولید آمار و داده‌های دیدبانی یکسان و قابل اعتماد.
تهیه و صدور پیش بینی ها و هشدار های جوی با کیفیت برای کاربران از جمله:
اطلاعات هواشناسی مورد نیاز سازمان بنادر و کشتیرانی ، شیلات ، وزارت نفت ، شناور های دریایی و سایر واحدهای دریایی جهت راهنمایی و هدایت کشتی ها و تعیین مسیر آنها، امور مرتبط با صید و ماهیگیری.
اطلاعات مورد نیاز وزارت جهادکشاورزی و سایر بخشهای خصوصی و دولتی.
تهیه اطلاعات مورد نیاز برای ارائه به عامه مردم
کاربردی کردن هر چه بیشتر خدمات هواشناسی در بخشهای هوانوردی، دریانوردی، حمل و نقل، منابع آب، کشاورزی و سایر فعایت‌های بشری.
ترغیب مناسب پژوهش‌‌ها و آموزش‌ها در زمینه‌های مرتبط و ایجاد هماهنگی بین آنها در سطح کشور
ارزشیابی ، تجزیه و تحلیل و بررسی کلیه اطلاعات جمع آوری شده و تشکیل بانکهای اطلاعاتی لازم
ارتباط و اتصال با شبکه های جهانی اطلاعات و مبادله پیام و اطلاعات لازم .
توسعه فعالیتهای مرکز آموزش بین المللی هواشناسی و علوم جو به منظور به روز نمودن دانش و تولید محصولات جدید با آموزش مداوم فن آوریهای جدید و مختلف هواشناسی و علوم جو مبتنی بر آخرین فرضیه های علمی ضمن برگزاری و تشکیل کلاسهای تخصصی و دوره های کوتاه مدت و بلندمدت .
همکاری و مشارکت بادانشگاهها و مراکز علمی و تحقیقاتی و برقراری ارتباط با اساتید و دانش پژوهان هواشناسی و علوم مربوطه .
همکاری و مشارکت در اجلاسیه ها و کنفرانسها ی علمی و آموزشی و فنی بین المللی .
بالا بردن سطح دانش تخصصی نیروی انسانی شاغل در مقاطع مختلف خدمتی از طریق برگزاری دوره های آموزشی و تخصصی مورد لزوم .
انجام کارهای پژوهشی مورد نیاز در قالب گرایشهای موجود و توسعه مراکز تحقیقات هواشناسی کاربردی .
برنامه نویسی و توسعه نرم افزارهای مورد نیاز .
بکارگیری وتجزیه وتحلیل کلیه اطلاعات و انجام مطالعات و تحقیقات در زمینه تمامی گرایش های دانش هواشناسی شامل:
1-هواشناسی هوانوردی
2-هواشناسی کشاورزی
3-هواشناسی دریایی و اقیانوس شناسی فیزیکی